Sefer Halilović je rođen 6.1.1952. g. u Prijepolju, Srbija. Osnovnu školu i gimnaziju pohađao je u rodnom gradu, da bi školovanje na Vojnoj akademiji nastavio u Beogradu i Zadru. Kao oficir JNA službovao je u Mostaru, Vinkovcima i Đakovu.
JNA napušta 13.9.1991. g. bijegom iz Komandno – štabne akademije u Beogradu, a zbog neslaganja sa politikom tadašnjeg Generalštaba JNA, četnizacijom, te zbog napada srbizirane JNA na Republiku Hrvatsku.
Za Seferom Halilovićem je 1993. od strane Resora državne bezbednosti Srbije raspisana potjernica sa nalogom za hapšenje. Sefer Halilović se uključuje u rad Patriotske Lige RBiH i biva autor šeme odbrane Sarajeva koji mu je odobrena na sastanku 2.12.1991. g. od strane predsjednika Predsjedništva RBiH Alije Izetbegovića. Po Halilovićevoj šemi urađena je i šema odbrane Republike BiH od nadolazeće agresije.
Dana 25.5.1992. g. Sefer Halilović je postavljen za komandanta TO RBiH. Pod njegovim rukovođenjem i komandovanje TO RBiH prerasta u Armiju RBiH sa pet (5) korpusa i preko 200.000 vojnika. ARBiH se ustrojava sa Štabom vrhovne komande, uprava štaba, korpusima, operativnim grupama, brigadama, bataljonima i specijalnim jedinicama. ARBiH do kraja rata nije bitno mijenjala svoju strukturu.
Sefer Halilović postaje načelnik Glavnog štaba Armije RBiH (prvi čovjek Armije) – najviša funkcija u modernim armijama svijeta, i ujedno član Ratnog Predsjedništva RBiH u kojem učestvuje aktivno kao predlagač i pokretač mnogih inicijativa važnih za odbranu Republike BiH.Treba istaći da je u atentatu od 7.7.1993. g. koji je izveden na Halilovićev stan život izgubila njegova supruga Mediha i njen brat Edin. Kada je udaljen iz ARBiH “na raspolaganje” Sefer Halilović biva biran i prihvata funkciju predsjednika Udruženja Bošnjaka porijeklom iz Sandžaka. U svom radu, skupa sa svojim saradnicima u Udruženju, pomagali su porodicama poginulih branilaca RBiH, studentima, i bavili se naučno – istraživačkim radom.
1994. g. Predsjedništvo RBiH dodjeljuje mu čin generala ARBiH čime su pobrisane sve laži i podmetanja vojne i države bezbjednosti.Nakon agresije na RBiH, Sefer Halilović sa grupom istomišljenika osniva Bh.Patriotsku Stranku (BPS) čiji je predsjednik i danas.Godinu dana kasnije, 1997. g., Sefer Halilović objavljuje svoju prvu knjigu “Lukava strategija” , koja je nerijetko korištena i u sudnicama Tribunala u Den Haagu. Septembra 2001. g. Tribunal u Den Haagu optužuje ga po liniji komandne odgovornosti za zločine koje su pripadnici ARBiH počinili u selima Grabovica i Uzdol. Dana 16.11.2005. g. Sefer Halilović je oslobođen svih optužbi i odmah po nalogu Pretresnog vijeća pušten na slobodu.
Sefer Halilović je jedini bh. general koji se iz Den Haag-a vratio u svoju domovinu BiH sa oslobađajućom presudom, i jedini general njegovog ranga u bivšoj SFRJ koji je oslobođen optužbi do danas. Sefer Halilović dobitnik je neutvrđenog broja plaketa, zahvalnica i nagrada.