Tokom rata u BiH od 1992. do 1995. godine Sanski Most je bio pod okupacijom snaga Vojske Republike Srpske od proljeća 1992. do 10. oktobra 1995. godine. Dio neesrpsko stanovništvo je bilo primorano napustiti grad, ali je oko 6.000 Bošnjaka i Hrvata ostalo u gradu tokom rata, koji su često maltretirani, mučeni, ponižavani i tjerani na kopanje rovova i prisilni rad. Počinjeni su i brojni zločini u selima i naseljima Sanskog Mosta, naročito u Šehovcima, Mahali, Vrhpolju i drugim.
Kraj rata i oslobođenje grada dočekalo je samo oko 1.000 nesrba, a procjenjuje se da je grad izgubio gotovo pola predratnog stanovništva. Tokom operacije Sana ‘95, združene snage Petog i Sedmog Korpusa Armije RBiH pod zapovjedništvom generala Atifa Dudakovića i Mehmeda Alagića napadom sa zapada i juga 10. oktobra 1995. godine oslobodili su Sanski Most i nastavili napredovanje sjeverno prema Prijedoru. Neposredno prije oslobađanja grada, prema srpsim izvorima, oko 27.000 srpskog stanovništva je zajedno sa vojskom pobjeglo i napustilo grad, a srpske paravojne formacije i Vojska Republike Srpske na čelu sa Željkom Ražnjatovićem Arkanom vrše brojne zločine i ubistva preostalog bošnjačkog i hrvatskog stanovništva u gradu i okolini.
Nakon rata, Sanski Most je vrlo brzo obnovljen i modernizovan, a dio izbjeglog stanovništvo se vratio.