U okolini Kotor Varoši 25. juna 1992. godine vodile su se borbe između srpskih snaga i pripadnika Armije RBiH. Tom prilikom poginuo je pripadnik srpskih snaga što je rezultiralo odmazdom nad preostalim Bošnjacima u Kotor Varoši. Istog dana srpske snage su u tom gradu ubile više desetina civila.
Do kraja rata srpske snage su u Kotor Varoši ubile 81 civila. Broj ubijenih na području cijele općine iznosi 1821.