Međunarodni sud za ratne zločine počinjene na području bivše Jugoslavije (ICTY) je za zločine u Srebrenici optužio ukupno 21 osobu. Nekadašnji general Drinskog korpusa Radislav Krstić je 2001. postao prvi optuženik osuđen za genocid te je dobio 46 godina zatvora, koja je nakon podignute žalbe 2004. smanjena na 35 godina zatvora.Krstić je bio prvi Europljanin osuđen za genocid od nekog međunarodnog suda nakon Nürnberškog procesa.
Slobodan Milošević je također bio optužen za razne zločine u Bosni, među njima i za Srebrenicu, ali je preminuo prije presude.
Pukovnik Vidoje Blagojević je u siječnju 2005. proglašen krivim za ratne zločine u Srebrenici te je osuđen na zatvorsku kaznu od 18 godina, koja je nakon podignute žalbe smanjena na 15 godina.
10. lipnja 2010., ICTY je donio presude sedmorici vojnih i policijskih dužnosnika bosanskih Srba za pokolj u Srebrenici i Žepi, u najvećem suđenju te ustanove to tada. Suđenje Popoviću i drugima počelo je 14. srpnja 2006., a iznošenje završnih riječi dovršeno je 15. rujna 2009. Raspravno vijeće zasjedalo je ukupno 425 dana, tijekom kojih je u sudski spis uvršteno više od 5300 dokaznih predmeta, a saslušano je 315 svjedoka. Vujadin Popović, obavještajni časnik Drinskog korpusa Armije Republike Srpske, i Ljubiša Beara, pukovnik iste vojske, proglašeni su krivim za genocid, istrebljenje, progon i ubojstva te su osuđeni na doživotne kazne u zatvoru. Drago Nikolić, šef sigurnosti Zvorničke brigade, proglašen je krivim za sudjelovanje i pomaganje u genocidu te je osuđen na 35 godina zatvora. Ljubomir Borovčanin osuđen je za pomaganje i sudjelovanje u istrebljenju, ubojstvu, progonu i prisilnu deportaciju te je osuđen na kaznu od 17 godina. Vinko Pandurević dobio je 13, Radivoje Miletić 19 a Milan Gvero pet godina zatvorske kazne. “Opseg i priroda ubilačke operacije, stravičan broj ubojstava, jasna namjera – vidljiva iz dokaza – da se eliminira svaki bosanski musliman koji je uhićen ili koji se predao pokazuje izvan razumne sumnje da je riječ o genocidu”, objavio je ICTY.
ICTY je također 2005. optužio Milorada Trbića – između ostalog, da je odgovoran za pogubljenje oko 1.000 Bošnjaka u Orahovcu u jednom danu, 13. srpnja 1995. godine, te mnoge druge zločin – ali je njegov predmet ustupljen sudu Bosne i Hercegovine. 16. listopada 2009. prvostupanjskom presudom sud BiH proglasio je Trbića krivim za genocid i istrebljenje u Srebrenici počinjene u okviru udruženog zločinačkog poduhvata, te ga osudio na dugotrajni zatvor u trajanju od 30 godina.
Radovanu Karadžiću počelo se suditi u Haagu 2009. a Zdravku Tolimiru 2010. Optuženi general Ratko Mladić je uhićen 26. svibnja 2011.g.